一、經(jīng)典放射性EMSA技術(shù)

EMSA （Electrophoretic Mobility Shift Assay, 凝膠遷移或電泳遷移率實驗）是一種研究核酸（DNA/RNA）結(jié)合蛋白活性的經(jīng)典技術(shù)， 可用于定性和定量分析。這一技術(shù)最初用于研究DNA結(jié)合蛋白，目前已用于研究RNA結(jié)合蛋白和特定的RNA序列的相互作用。 通常將純化蛋白或細(xì)胞粗提液和P32同位素標(biāo)記的DNA或RNA探針一同保溫，在非變性的聚丙烯凝膠電泳上， 分離復(fù)合物和非結(jié)合的探針。DNA-復(fù)合物或RNA-復(fù)合物比非結(jié)合的探針移動得慢。同位素標(biāo)記的探針依研究的結(jié)合蛋白的不同， 可是雙鏈或者是單鏈。當(dāng)檢測 如轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子一類的DNA結(jié)合蛋白，可用純化蛋白，部分純化蛋白，或核細(xì)胞抽提液。在檢測RNA結(jié)合蛋白時， 依據(jù)目的RNA結(jié)合蛋白的位置，可用純化或部分純化的蛋白，也可用核或胞質(zhì)細(xì)胞抽提液。競爭實驗中采用含蛋白結(jié)合序列的DNA或 RNA片段和寡核苷酸片段（特異）， 和其它非相關(guān)的片段（非特異），來確定DNA或RNA結(jié)合蛋白的特異性。在競爭的特異和非特異片段的存在下，依據(jù)復(fù)合物的特點和強度來確定特異結(jié)合。

EMSA原理如右邊示意圖：

二、非放射性EMSA（Non-radioactive EMSA）技術(shù)

由于放射性同位素在使用、存放與操作上的問題，非放射性EMSA得到了廣泛運用。隨著檢測技術(shù)的不斷進步， 非放射性EMSA的檢測靈敏度已經(jīng)超過了放射性EMSA；放射性EMSA需要對感光膠片曝光1-2天才能夠看到清晰圖像，而ECL EMSA 或近紅外熒光EMSA都能夠在1-3分鐘獲得結(jié)果。

非放射性EMSA的工作原理與放射性EMSA相同，但所用DNA/RNA探針的特性有很大不同，操作步驟有很大區(qū)別。

1）非放射性標(biāo)記探針需要仔細(xì)設(shè)計與制作 P32放射性同位素用于標(biāo)記的探針時，是代替核酸中的P31，兩者的差別只有一個電子。放射性探針對核酸的影響微乎其微。 非放射性EMSA有采用對非標(biāo)記探針進行染色的技術(shù)，如Invitrogen的。但因其靈敏度低而且還只能用于純化的樣品， 實驗受限。常用的非放射性EMSA常用生物素，地高辛或熒光素標(biāo)記的探針。這些標(biāo)記會對探針產(chǎn)生較大影響，而致EMSA測定失?。ㄒ?a href="probe_design&problem.htm">非放射性探針問題）。

2）非放射性EMSA與放射性EMSA操作有很大不同。EMSA的成功與很多因素有關(guān)，任何一個環(huán)節(jié)出錯都可以導(dǎo)致實驗失?。ㄕ堃?a href="questions4EMSAf.htm">EMSA常見問題與解決措施）

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